“中醫是抗擊非典型肺炎的一支重要力量，要充分認識中醫藥的科學價值，積極利用中醫藥資源，發揮廣大中醫藥醫務人員的作用，中西醫結合，共同完成防治非典型肺炎的使命。”2003年5月8日下午，在中南海召開的“在京名中醫座談會”上，時任中共中央政治局委員、國務院副總理兼衛生部部長、全國防治非典型肺炎指揮部總指揮吳儀強調。
進入21世紀，隨著經濟全球化、科技進步和現代醫學的快速發展，中醫藥事業發展面臨著許多新情況、新問題，難以適應人民群眾日益增長的健康需求。吳儀的這番講話無疑是大大地提升了中醫藥行業的士氣。
2009年4月21日，《國務院關于扶持和促進中醫藥事業發展的若干意見》正式發布，首次全面系統闡明了黨和國家對發展中醫藥事業的方針政策，為新時期、新階段中醫藥事業發展提供了堅實保障，成為指導中醫藥事業又好又快發展的綱領性文件。
在新世紀第一個十年里，中醫藥一面迎接挑戰，一面奮勇前行。
抗擊非典：建立起中醫藥應急體系
2003年春天，重癥急性呼吸綜合征（SARS）疫情肆虐中國。疫情嚴峻，中醫藥參與治療SARS的呼聲越來越高，87歲高齡的國醫大師鄧鐵濤上書中央力挺中醫介入，并撰寫學術文章以供治療參考。
比之西醫只能依靠用激素和上呼吸機等辦法不多的窘狀，中醫在退燒、愈后等方面確有明顯療效。中央層面也因此全力推動中醫藥介入抗擊SARS，中醫藥進入了抗疫主戰場。
5月11日，國家中醫藥管理局發布了SARS中醫藥治療方案。隨后，北京采取措施保障所有定點醫院都有中醫藥的參與。到5月中旬，多半病人使用中西醫結合治療，效果明顯，疫情開始得到控制。
6月8日，中日友好醫院第十二SARS病區的3名SARS患者結束隔離，加上此前陸續康復出院的13名患者，該院的醫護人員在這16名患者身上創造了一個紀錄：使用純中醫藥的方法治療SARS獲得成功。
這16例SARS病人由時任中日友好醫院臨時SARS醫院病區主任的仝小林治療小組收治，使用中醫藥治療，全部治愈，平均退熱時間僅4.5天。
治療小組從中醫的瘟疫理論出發，使用“肺毒疫四期八方”中醫治療SARS方案，同時做到不使用糖皮質激素、抗病毒藥物、免疫調節劑及抗生素，療效非常理想。以此為經驗撰寫的世界唯一一份純中藥治療SARS的報告，被收錄進世界衛生組織報告。
2004年2月，全國中醫藥工作會議召開，時任國務院副總理兼衛生部部長吳儀發表《努力促進中醫藥事業發展》重要講話，指出中醫藥為取得抗擊“非典”取得階段性勝利做出積極貢獻。
SARS一役使得中醫藥的應急能力得到了極大提升，也使公共衛生事業的發展步入快車道，讓當時處于低潮的中醫藥事業出現轉機。
隨后，部分省市陸續出臺中醫藥應急救治實施方案。中醫藥應急體系逐步建立，救治能力逐步提升。各地積極制訂了針對各類突發公共衛生事件的中醫藥應急預案，不斷總結經驗，逐步形成了療效明確、數據翔實、程序規范的診療方案。
適時而出：《若干意見》指導中醫藥事業發展
SARS過后，中醫藥事業的發展也并非一帆風順。2006年，社會上有關“存廢中醫”的爭論不斷，中醫藥的地位亟待進一步加強，黨和政府也密切關注著中醫藥事業的發展。
2006年10月，黨的十六屆六中全會提出要“大力扶持中醫藥和民族醫藥發展”。同年10月23日，胡錦濤在中央政治局第三十五次集體學習時的講話中，明確提出要“制定扶持中醫藥和民族醫藥發展的政策措施”。
2007年1月11日，時任中共中央政治局委員、國務院副總理吳儀出席2007年中醫藥工作會議，公開回應“取消中醫”論調，強調要堅定不移地發展中醫藥事業，努力擔負起發展中醫藥的歷史重任。同年3月，國務院成立中醫藥工作部際協調小組，吳儀親自擔任組長，以加強對中醫藥工作的宏觀指導，協調解決中醫藥發展中的重大問題。
2007年10月，黨的十七大報告再一次提出要“扶持中醫藥和民族醫藥事業發展”。為此，衛生部、國家中醫藥管理局進一步加大了研究力度，并在此基礎上加緊研究起草，廣泛聽取意見，充分論證修改，形成了《國務院關于扶持和促進中醫藥事業發展的若干意見（討論稿）》。
2008年2月，國務院中醫藥工作部際協調小組會議原則通過了《若干意見（討論稿）》，并議定根據深化醫藥衛生體制改革的精神進行相應完善后擇機以國務院的名義印發各地區、各部門貫徹執行。
2009年4月21日，《國務院關于扶持和促進中醫藥事業發展的若干意見》（以下簡稱《若干意見》）正式發布，全面系統地提出了中醫藥事業發展的目標任務，明確了推進中醫藥醫療、保健、教育、科研、產業、文化全面發展的發展思路。
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